鲤鱼(Cyprinus carpio)全基因组微卫星分布特征研究

摘要

本研究利用微卫星搜索软件MISA,对鲤鱼全基因组中的完整型微卫星进行了搜索,并对其分布规律进行了分析,同时对微卫星定位在编码区域的基因进行了GO注释、富集和KEGG富集分析.结果显示,在约1.7Gb鲤鱼全基因组中,共搜索出837004个完整型微卫星,相对丰度为488个/Mb.微卫星总长度为15513551 bp,占鲤鱼全基因组大小的0.91％,相对密度为9051 bp/Mb.在6种完整型微卫星中,单碱基微卫星数目最多,共有495421个,在6种微卫星中占比59.19％;其他依次是二碱基(26.79％)、三碱基(8.48％)、四碱基(4.21％)、五碱基(1.25％)和六碱基(0.07％)类型微卫星.其中,A、AC、AT、AAT、AG、C、AAAT、AAC、AGAT、AAG依次为鲤鱼全基因组中出现次数最多的前十种微卫星类别,表现出明显的A/T碱基优势.通过对全基因组微卫星进行定位,共24222个微卫星定位在基因外显子上,并分布在3853个基因上.GO功能注释的1758个GO条目中,注释到生物学过程的条目数和基因数均最多,GO功能富集最为显著的条目是代谢过程的调节.KEGG富集表明,机体系统分支富集到的基因总数最多.环境信息处理分支中的鞘脂信号通路基因富集最为显著.分布到代谢分支的通路种类最为广泛.分析结果推测,定位在基因编码区域的微卫星可能在细胞间信息交流、信号转导、细胞新陈代谢以及生物合成调控等方面发挥作用.本研究为鲤鱼后续的种群遗传信息评估、微卫星引物的开发及功能鉴定等提供了数据支持.