氨基酸约化分类对亚线粒体蛋白定位的预测

摘要

在Du和Li构建的首个亚线粒体定位数据库基础上,将线粒体蛋白依据亚线粒体位置细分为四大类进行预测.对基于氨基酸的亲疏水特征、物理化学特征和结构特征的蛋白质序列约化信息做出讨论.给出在单肽组分和六类亲疏水约化情形下的蛋白质序列最佳分割位点,结果不仅符合真实生物学现象而且范围更加精确,可为相关实验研究提供参考.提出了最佳组合参数,该参数是ω=0.10,λ=22时亲疏水残基指数值及平行相关形式的伪氨基酸组分结合全序列单肽组分,利用支持向量机算法进行预测,达到了较好的预测结果.利用本文提出的最佳组合参数对未知蛋白序列进行检验,结果显示有一定注释作用,特别是对于Inner membrane类和Matrix类的预测精度较高.