基于TCGA构建前列腺癌miRNA-mRNA调控网络

摘要

目的:应用生物信息学方法,分析前列腺癌(PCa)中微小RNA(miRNA)的表达谱,构建miRNA-mRNA调控模型,预测PCa的关键靶基因(Hub-mRNA).方法:下载肿瘤基因图谱(TCGA)数据库中PCa的miRNA测序数据(miRNA-seq),使用R语言提取并分析差异表达miRNA(DE-miRNA).预测miRNA的下游靶基因,进行GO功能注释以及KEGG信号通路富集分析.构建miRNA-mRNA调控网络鉴定关键靶基因,通过GEPIA分析Hub基因在PCa中的表达水平.结果:总共预测了20个上调和13个下调的DE-miRNA.其下游靶基因主要参与调控RNA转录、MAPK、AMPK、FoxO等信号传导通路,其中Hub基因IGF1、VEGFA和TNRC6A在PCa中的表达水平均显著下调(均P＜0.05).结论:通过构建miRNA-mRNA调控模型,有助于了解miRNA及其靶基因在PCa发生和发展中的分子调控机制,为进一步研究PCa的生物分子标志物及分子机制提供一个新的思路和参考方向.