鸡SNP多样性的比较研究与群体有效规模的估算

摘要

以红色原鸡(Red Jungle Fowl,RJF)、丝羽乌骨鸡(Taihe silk Chicken,TS)、隐性白洛克鸡(White Recessive Rock,WRR)为资源群,在鸡一号染色体的Contig.060226.1上选取了一个200 kb的区域,比较研究了3个群体的SNP(single nucleotide polymorphism)多样性、估算了鸡的初始群体有效规模大小(effective size of population,Ne).红色原鸡、丝羽乌骨鸡、隐性白洛克鸡3个群体的平均杂合度分别为0.28533±0.03475、0.32926±0.03919、0.30168±0.04038.显著性检验差异不显著(P=0.2368＞0.05).根据Latter和Nei的方法对鸡的群体有效规模进行了估算,鸡的初始群体有效规模大小为20 000～150 000.鸡在驯养的早期阶段经历过严厉的瓶颈效应,但瓶颈效应对鸡各品种SNP的多样性并未产生显著影响.笔者认为,鸡在驯养的早期阶段群体有效规模足够大,品种分化过程中群体迅速扩张,品种间的广泛杂交(特别是和红色原鸡之间)以及鸡基因组的高重组率等因素是导致家鸡和原鸡以及各家鸡品种间SNP多样性没有显著差别的重要原因.