火龙果转录组SSR的信息分析及其分子标记开发

摘要

为火龙果种质资源的遗传多样性评价及品种分子鉴定提供参考,利用MISA软件对获得的Unigene进行筛选,以确定火龙果转录组的SSR位点及分布,进而利用Primer 3.0软件设计SSR引物,并利用PCR扩增筛选SSR多态性引物,根据SSR扩增产物的多态性,利用UPGMA方法对15个火龙果种质材料进行聚类分析.结果表明:在碱基序列总长度为54.975 Mb的79 658条Unigene中,筛选得到16 523个SSR位点,分布于13 493条Unigene序列上,SSR位点的出现频率为20.74％,平均每3.33 kb出现1个SSR位点;SSR的主要类型是单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复,其占比分别为59.58％、26.53％和12.93％;随机筛选获得的37对引物经PCR扩增,有23对引物可扩增出清晰条带,11对引物在15个火龙果种质材料中表现出多态性;UPGMA聚类分析将15个火龙果种质材料分为4类,其中,果肉为紫红色或粉红色的贵州紫红龙、贵州红肉-1和台湾红水晶等8个火龙果种质材料聚为Ⅰ类,果肉为红色或粉红色的贵州红龙、云南红肉-2和云南粉肉3个种质材料聚为Ⅱ类,果肉为白色的云南白肉-1、云南白肉-2和贵州野生白肉3个种质材料聚为Ⅲ类,果肉为紫红色的台湾黑龙火龙果种质材料单独为Ⅳ类.