基于TCGA数据库筛选肺腺癌顺铂耐药的分子标志物及功能验证

摘要

目的探究在肺腺癌顺铂耐药过程中起关键调控作用的相关基因。方法利用生物信息学方法在TCGA数据库和GDSC数据库下载肺腺癌患者顺铂敏感组与耐药组之间的差异表达基因,对差异基因进行GO功能分析和KEGG通路富集分析,构建蛋白质互作网络,并进行层次聚类分析,筛选得到关键基因并利用实时荧光定量PCR和ELISA法在细胞水平进行验证。通过siRNA沉默A549/DDP细胞中CXCL10基因的表达并检测其对顺铂的敏感度。结果筛选得到178个差异表达基因,经过聚类分析最终获得肺腺癌顺铂耐药的关键基因CXCL9、CXCL10、NKX2-1以及SFTPA1。暂时选择CXCL10进行后续验证及功能实验。实时荧光定量PCR结果显示CXCL10在A549/DDP细胞中的mRNA表达量显著高于A549细胞(P<0.001),A549/DDP细胞上清液中CXCL10蛋白的表达量高于A549细胞,均与生物信息学预测一致。MTT结果显示沉默CXCL10表达后,A549/DDP细胞对DDP的敏感度增加。结论CXCL10是调控肺腺癌顺铂耐药的关键基因,下调CXCL10表达可成为逆转肺腺癌顺铂耐药的潜在靶点。