7个蔷薇科物种HPL基因家族的鉴定和特性分析

摘要

【目的】利用生物信息学方法对7个蔷薇科HPL基因家族进行分析,以期更深入地了解蔷薇科HPL家族基因特性,在分子水平上为蔷薇科品种的研究和改良提供候选基因。【方法】用拟南芥HPL基因鉴定白梨、苹果、桃、草莓、西洋梨、黑树莓、梅七种蔷薇科物种的HPL基因,分析HPL基因的结构、保守域、系统进化关系、正选择作用、共线性关系和表达情况。【结果】鉴定确定了31个HPL基因,其中白梨6个,苹果4个,桃3个,草莓5个,西洋梨4个,黑树莓6个,梅3个;大多包含1个或3个内含子;系统进化树显示,HPL基因家族分为A、B和C 3个亚族;进化树上9个节点M0模型的ω都远小于1,平均数为0.1748;梨、苹果、桃和梅HPL基因间存在较强的共线性关系;梨和苹果果实中检测到HPL基因表达。【结论】鉴定了7个蔷薇科物种共31个HPL基因,每个物种均不少于3个,正选择效应在HPL基因上作用明显。苹果的MDP0000424398、MDP0000225501和梨的Pbr041820.1为表达活跃的功能基因。梨主要表达的HPL基因属于C亚族,苹果主要表达的HPL基因属于B亚族。