乙型肝炎病毒基因组中前-X编码基因的界定

摘要

目的:探讨乙型肝炎病毒(HBV)基因组存在前-X基因。乙型肝炎病毒(HBV)基因组内部结构基因与编码基因之间相互重叠,是基因组序列高度集中利用的一个典型。早期研究中确定了编码病毒蛋白的4个开放读码框架(ORF),本研究通过对于中国HBV感染者的流行病毒株的基因序列进行分析比较,阐明基因组结构的特点,并探索是否存在新型ORF的可能性。方法:考虑到HBV基因组序列的准种特点以及多聚酶链反应(PCR)技术的精确度,我们采用的技术是长距离且精确PCR(LA-PCR)技术,根据中国HBV患者的病毒基因序列设计PCR扩增用引物,自慢性HBV感染患者外周血血清中扩增HBV基因组序列,克隆入pGEM Teasy质粒,挑选克隆进行全基因组DNA测序,与其他HBV基因组序列进行比较。结果:测序结果提示来源于2个患者的5株HBV全基因组核苷酸序列在X基因之前存在一ORF,我们命名其为前-X(pre-X)区。前-X区编码氨基酸与X蛋白融合表达,序列为MGLGYWPSPPAWNLCGSSADPYCGTPSSLFCSQPVWSETYRNRQLCCPLSQIHLLS。该编码序列仅在adr血清型中有编码表现。结论:在HBV基因组中存在有一新的ORF,命名为前-X区,该区可能是一种HBV血清型特异性编码区。