甘蓝型油菜组蛋白乙酰转移酶Bn-HAM2基因的克隆及生物信息学分析

摘要

HAM2基因在植物生长、发育和应激反应中起重要的调控作用。本研究以油菜品种‘美国油王88’和‘南油868’为材料,通过PCR技术扩增HAM2完整编码区,利用生物信息软件进行序列分析,并通过PlantCARE对其启动子序列进行分析。结果表明,Bn-HAM2-MY88和Bn-HAM2-NY868的开放阅读框长度均为1326 bp,编码441个氨基酸,分子量分别约为50.81 kD和50.86 kD,理论等电点分别为7.88和7.56;亚细胞定位预测分析发现该基因编码的蛋白主要分布于细胞核;功能结构域分析结果证实,Bn-HAM2-MY88和Bn-HAM2-NY868蛋白都包含有保守的MYST结构域,属于MYST亚家族成员;多序列比对及进化树分析结果表明,Bn-HAM2-MY88和Bn-HAM2-NY868与NCBI中公布的甘蓝型油菜组蛋白乙酰转移酶氨基酸序列(XP_013715766)相似性最高,分别为99.77%和100%,与拟南芥组蛋白乙酰转移酶序列(KAG7554717.1)相似性高达90%以上;启动子分析表明,除含有真核生物启动子TATA和CAAT固有元件外,还存在W-box、P-box、TGA-element、TC-rich repeats等多种响应逆境胁迫的顺式元件。本研究结果为进一步研究Bn-HAM2-MY88和Bn-HAM2-NY868的生物学功能提供了基础资料。