耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌耐药基因及毒力基因分析研究

摘要

目的 通过全基因组测序技术(whole genome sequencing,WGS)检测耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌(carbapenemresistant Klebsiella pneumonia, CRKP)的耐药基因及毒力基因,了解本院CRKP的分布及耐药情况,为临床治疗和预防耐药菌的产生提供理论依据。方法 收集甘肃省肿瘤医院2019年6月至2021年6月临床分离的耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌,用全自动细菌鉴定仪进行细菌鉴定和抗菌药物敏感试验,用改良碳青霉烯灭活试验(mCIM)确认所筛选出的菌株是否产碳青霉烯酶,通过全基因组测序分析研究CRKP菌株的耐药基因种类和分布情况以及毒力基因类型和毒力基因位点。结果 23株CRKP分离自4个不同的临床科室,标本主要来源于痰液和血液,药敏结果显示所有菌株对碳青霉烯类、头孢菌素类、青霉素类及含β-内酰胺酶抑制剂类抗菌药物均耐药,对环丙沙星、阿米卡星和复方新诺明部分耐药。基因组测序分析显示:23株CRKP中,17株为ST11型,6株为ST23型。CRKP的荚膜型(KL)均为KL64,一致性均在99.9%以上。23株CRKP均携带bla_(KPC-2),此外还有3株菌同时携带bla_(NDM-1);还检测出了不同型别的β-内酰胺类(TEM、SHV、CTX-M等)、氨基糖苷类(rmtB)、磷霉素类(fosA)、喹诺酮类(qnr)、四环素(tet)、磺胺类(sul)、甲氧嘧啶(dfrA)等耐药基因;检测出5株耐碳青霉烯高毒力肺炎克雷伯菌,携带耐碳青霉烯酶基因同时携带高毒力质粒及多种亚型;23株CRKP中毒力质粒相关的毒力因子rmpA和rmpA2的携带率分别为21.7%和60.9%。结论 23株CRKP菌株以重症医学科和呼吸肿瘤内科检出率最高;标本类型以痰液和血液为主,提示呼吸道和血流感染为CRKP感染的防控重点;23株CRKP均携带bla_(KPC-2);CRKP菌株MLST分型以ST11为主,占73.9%;荚膜K抗原类型均为KL64。