基于SNP芯片的甘蓝型油菜遗传多样性和群体遗传结构分析

摘要

为揭示四川油菜核心种质的遗传多样性和群体遗传结构，提高甘蓝型油菜种质利用效率，本研究利用油菜50K基因芯片对201个育种亲本品系进行全基因组SNP位点分析，利用Powermarker软件计算SNP位点的Nei’s基因多样性指数（H）、主要等位基因频率（MAF）和多态性信息含量（PIC）和供试材料的遗传距离，进行聚类和群体结构分析。结果表明，共筛选到17 243个SNP位点，平均每条染色体分布907个多态性位点，位点的Nei’s基因多样性指数（H）、主要等位基因频率（MAF）和多态性信息含量（PIC）平均值分别为0.351、0.738、0.282;201份供试材料遗传距离在0.000 1～0.529 8之间，平均为0.350 5,Kinship值为0的占59.90%；供试材料可分成6个大类，分别为：保持系（1个品系:SC223）、远缘杂交种质（2个品系:SC001和SC273）、复合杂交油菜种质（2个品系:SC119和SC175）、征集种质（1个品系:SC017）、混合来源Ⅰ（16个品系:征集的优良品系SC034等,复合杂交保持系种质SC103等和恢复系SC249）和混合来源Ⅱ（179份:征集的优良品系,远缘杂交后代,复合杂交保持系种质和恢复系），群体结构分成13个亚群，可进行杂种优势预测。研究结果表明供试育种亲本种质遗传多样性丰富，为甘蓝型油菜杂种优势利用和育种种质创新提供理论依据。