6株鸽源新城疫病毒广西分离株F基因的遗传演化分析

摘要

应用RT-PCR方法对分离自广西不同鸽场的6株鸽源新城疫病毒F基因进行扩增、序列测定和分析。结果显示：只有1株分离株F基因的ORF全长为1 659 bp,编码552个氨基酸,其他5株分离株F基因的ORF全长均为1 662 bp,编码553个氨基酸,6株分离株的F0蛋白裂解位点的序列均为112RRQKRF117,符合强毒株的序列结构特性;核苷酸同源性比较显示,6株分离株与NDV基因Ⅵ型中的Ⅵb亚型同源性最高,为91.3%-99.3%（与比利时分离株11（JX901124）的同源性最高）,与其他基因Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ型毒株的同源性在81.3%-89.2%。与经典强毒株F48E9相比,核苷酸序列同源性为83.6%-84.8%,氨基酸序列同源性为89.2%-92.4%;与Ⅰ型疫苗株V4、I-2相比,核苷酸同源性分别为83.6%-85.1%和82.6%-84.2%,氨基酸序列同源性分别为88.1%-91.3%和87.7%-90.8%;与Ⅱ型疫苗株La Sota和B1相比,核苷酸同源性分别为81.7%-83.9%和82.0%-83.9%,氨基酸序列同源性分别为86.6%-89.9%和86.6%-89.9%。遗传进化分析显示,6株广西鸽源分离株与2011年比利时分离株11（JX901124）和中国毒株SDS、LLN713、BJP13、LJL404、P4的遗传关系最为接近,位于同一进化树分支上,属于基因Ⅵb亚型。