猪戊型肝炎病毒甘肃分离株衣壳蛋白基因序列分析

摘要

为进行国内猪戊型肝炎病毒(HEV)衣壳蛋白基因特征研究,参照GenBank中已发表的戊型肝炎病毒核苷酸序列,设计了1对扩增HEV衣壳蛋白(Y)基因的引物,利用RT-PCR等方法成功克隆出HEV甘肃分离株swCH189的Y基因cDNA片段,并与国内其他9株典型HEV分离株进行序列分析,用DNAstar软件进行序列同源性分析,PHYLIP软件绘制基因进化树。结果表明,swCH189株的Y基因与国内9株典型HEV分离株间的核苷酸序列同源性为79.6%～91.8%,推导的氨基酸序列同源性为91.4%～98.85%。基因进化树显示swCH189与基因Ⅳ型swCH25株亲缘关系最近,在同一分支上,属于基因Ⅳ型。