小黑杨抗寒转录因子PnsICE1基因克隆与生物信息学分析

摘要

ICE1基因是能够编码类似MYC的b HLH转录因子,在低温条件下能够特定地结合CBF3基因启动子中的顺式作用元件,以诱导这个基因所能调控的下游基因的表达。本研究以4℃低温处理24 h的小黑杨(Populus simonii×P.nigra)c DNA为模板,克隆ICE1基因,命名为Pns ICE1。其c DNA长1 650 bp,可编码549个氨基酸。利用Phytozome数据库、NCBI网站、Prot Param、Prot Scale、Pfam27.0和MEGA软件对小黑杨ICE1基因进行生物信息学分析,BLAST分析表明,c DNA序列及其推导的氨基酸序列均与毛果杨(P.trichocarpa)和甜杨(P.suaveolens)ICE1存在着较高的同源性,预示所获得的c DNA可能是小黑杨ICE1基因(Pns ICE1)。