葡萄PPR基因家族鉴定与生物信息学分析

摘要

为了研究葡萄PPR(Pentatricopeptide repeats)家族,本研究利用全基因组信息鉴定了葡萄501个PPR家族成员,并对PPR家族成员进行染色体定位,基因功能和进化分析以及组织表达分析。结果表明,葡萄全基因组上501个PPR家族成员中有459个在19条染色体上分布,主要分布在1、18号染色体上,其中1号染色体上数目最多为36个;其中118个PPR基因属于P亚家族,383个基因属于PLS亚家族。PPR基因家族中有47.7%的基因属于无内含子基因。亚细胞定位表明大部分PPR基因定位于线粒体。基因功能预测结果表明,葡萄PPR家族主要富集到锌离子结合以及蛋白质结合功能,参与的生物过程主要与细胞壁修饰、细胞成分组织、碳水化合物代谢过程以及氧化还原过程有关。依照系统分化可以把家族成员分成两部分,不同组织的表达水平分析得到的结果显示PPR基因家族基因的表达模式存在差异。