TypeStream Visual软件在浙江汉族人群HLA分型结果指定的情况分析

摘要

目的基于Ion Torrent S5平台评价TypeStream Visual(TSV)软件应用于HLA基因分型结果指定的情况。方法采用AllType NGS测序试剂盒在Ion Torrent S5平台上对364例标本检测HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB1、HLA-DQB1基因型。对HLA-DRB1位点纯合子标本采用PCR-SSO流式磁珠法复核HLA-DRB1基因。对外显子区域碱基存在报警的标本采用PCR-SBT法复核。使用TSV1.3.0软件指定NGS法的HLA分型结果,直接计数法统计分析每个位点的各类报警情况。结果364例标本HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB1、HLA-DQB1位点结果中,至少有一个等位基因报警的组合有1193对,占总数的65.55%。共计18对等位基因组合报警存在外显子区域碱基错配,经PCR-SBT方法复核仅发现2例为真实的错配,其他16例为NGS错误的判定。发现2例标本NGS法结果分别在HLA-B和HLA-DRB1位点中判定出现偏差。HLA-DRB1位点纯合子标本NGS法与PCR-SSO法检测结果一致。结论基于Ion Torrent S5平台,AllType NGS测序试剂和TSV专业软件应用于HLA基因分型结果准确,针对外显子区域碱基错配的报警宜采用PCR-SBT法进行复核。