伪狂犬病病毒基因组密码子用法特点分析

摘要

本文根据GenBank收录的伪狂犬病病毒基因组序列,应用CHIPS、CUSP和CodonW在线程序,分别计算了伪狂犬病病毒基因组序列中各编码序列的有效密码子数目(ENc)、编码同一氨基酸的不同密码子的使用频率(Fract)和GC含量及GC3S含量.研究结果证实伪狂犬病病毒对一些密码子的使用存在明显的偏爱性,且主要偏爱于使用以G和C结尾的密码子;GC含量及GC3S含量分析表明,伪狂犬病的编码序列GC含量偏高,平均高达74.9%,特别是密码子的第三位碱基GC含量平均高达93.7%,分析认为GC3S含量可能是促使PRV密码子偏向性形成的原因之一.