m6A结合蛋白IGF2BP1在肝细胞癌中的基因调控网络分析

摘要

目的 分析m6A阅读器胰岛素样生长因子2-mRNA结合蛋白1(insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 1,IGF2BP1)在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达水平及其对HCC患者预后的影响,并探讨IGF2BP1在HCC发生发展中的作用及其潜在机制.方法 基于5对HCC癌及相应癌旁组织mRNA-seq数据和TCGA数据库LIHC的mRNA-seq数据综合分析IGF2BP1在HCC中的表达情况,同时利用TCGA数据库中343例HCC患者的临床随访资料分析IGF2BP1表达水平对HCC患者总生存期的影响.基于TCGA数据库筛选IGF2BP1的共表达mRNA,并利用m6Avar在线网站预测mRNA的m6A位点及其RNA结合蛋白等信息,最终构建IGF2BP1的基因调控网络.结果 IGF2BP1基因在HCC中表达上调(log2 FC HCC转录组数据=10.684,P<0.001;log2FC TCGA-LIHC数据集=7.032,P<0.001).生存分析显示IGF2BP1低表达的HCC患者中位生存时间为5.84年,IGF2BP1高表达患者为4.44年,高表达患者总生存期缩短(P=0.011).22个差异表达的mRNA与IGF2BP1存在靶向结合关系,并与其表达水平呈正相关.其中,HMGA2等15个高表达mRNA的HCC患者总生存期缩短.HMGA2、PEG10、CEP55、RHO、CDC6和KIF23基因中的潜在m6A甲基化位点位于mRNA 3'UTR端的miRNA结合区域.结论 IGF2BP1在HCC中高表达且导致患者总生存期缩短.IGF2BP1可能通过m6A甲基化及miRNA抑制作用的方式上调mRNA的表达,促进HCC发生并导致不良预后.