基因在低级别胶质瘤中的表达及其与患者预后相关性的生物信息学分析

摘要

目的 探讨TAGLN2基因在人低级别胶质瘤（LGG）中的表达、相关信号通路及与患者预后的关系。方法 采用生物信息学分析方法研究Oncomine和TCGA数据库中TAGLN2基因的表达情况。应用STRING数据库绘制TAGLN2相关蛋白-蛋白互相作用网络,并对网络中涉及的相互作用蛋白编码基因进行功能富集。根据TAGLN2基因在胶质瘤中的表达水平分为高、低表达组,比较2组胶质瘤患者总生存时间（OS）和无疾病进展生存时间（DFS）是否存在差异。结果 TAGLN2基因在大多数肿瘤组织中的表达水平上调,在LGG患者肿瘤组织中的表达水平明显高于对应的正常脑组织。TCGA数据库中分析了TAGLN2基因突变情况,有1.5%的TAGLN2基因在LGG组织中发生了错义突变。TAGLN2相关蛋白-蛋白相互作用网络共有节点数51个,相互作用关系254个,区域聚类指数为0.69,网络中蛋白富集明显（P=1.0E-16）。与TAGLN2基因编码蛋白相互作用的蛋白主要富集于囊泡、细胞外基质和细胞膜,分子功能主要为蛋白结合、铁离子结合及核酸结合,其生物学过程主要富集于生物功能调控、细胞发育和多细胞组织过程。TAGLN2高表达组患者OS和DFS均低于低表达组,差异具有统计学意义（HR=2.700、1.800,P＆0.05）。LGG患者肿瘤组织亚型分析显示,TAGLN2高表达组星形胶质细胞瘤OS和DFS均低于低表达组,差异具有统计学意义（P＆ 0.05）；TAGLN2高表达组少突胶质瘤OS显著低于低表达组,差异有统计学意义（P＆0.05）；而少突星形细胞瘤OS、DFS以及少突胶质瘤DFS在TAGLN2高、低表达组间差异无统计学意义（P＆0.05）。结论 TAGLN2基因在LGG患者肿瘤组织中表达较高,高表达与患者的预后不良有关。