不吸烟非小细胞肺癌患者发病潜在关键基因鉴别

摘要

目的鉴别导致不吸烟非小细胞肺癌(NSCLC)患者发病的关键基因。方法通过检索GEO数据库,选取两个不吸烟NSCLC患者基因表达谱数据集作为研究对象,使用GEO2R差异基因分析工具获得差异表达基因(DEGs),然后利用DAVID数据库对DEGs进行GO及KEGG富集分析。将DEGs输入到STRING数据库构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,将PPI网络信息导入到Cytoscape软件,基于MCC算法鉴别引起NSCLC发病的关键基因。最后,利用Kaplan Meier plotter和GEPIA在线生存分析工具对所鉴别的关键基因进行生存分析,研究这些基因高表达对NSCLC患者生存时间的影响。结果分别对两个基因表达谱进行差异表达分析对差异基因取交集,共获得1022个DEGs,其中上调DEGs 343个、下调DEGs 679个。GO与KEGG富集分析表明这些DEGs显著富集于一系列与肿瘤发生发展相关的生物学过程、细胞组分、分子功能及信号转导通路。基于MCC算法选取连接度值排名前10的基因为关键基因,分别是CDK1、CCNB1、BUB1B、CCNB2、AURKA、MAD2L1、CDC20、CCNA2、BUB1、NCAPG。生存分析表明上述关键基因高表达与患者生存时间降低显著相关(P<0.05)。结论共鉴别出不吸烟NSCLC患者发病相关的10个关键基因,其中NCAPG可能是新的NSCLC发病关键基因,这些基因过表达与患者生存时间缩短显著相关,可为NSCLC治疗药物的开发提供新的潜在靶点。