泰安市2017—2018年柯萨奇病毒A4型分离株全基因组特征

摘要

目的 分析2017—2018年泰安市柯萨奇病毒A4型（Coxsackievirus A4, CV-A4）分离株的基因组特征。方法 收集2017—2018年到泰安市妇幼保健院就诊且临床表征为手足口病（hand, foot and mouth disease, HFMD）特征的患儿咽拭子样本共60份,利用肠道病毒（enterovirus, EV）通用引物,经荧光定量PCR进行鉴定。核酸阳性样本进行高通量测序。通过Mega5.05、RaxML软件进行全基因组序列及VP1基因系统发育分析,并进行同源性及氨基酸突变位点分析。结果 4条CV-A4全基因组序列,标本来自17～19月龄幼儿。系统进化分析表明,除了MG550920/AA/Henan/2016以外,包括4株泰安株以内的中国CV-A4毒株（97.2%）均位于Group 3分支。根据VP1基因可划分为4个基因型,98.5%的国内毒株均位于基因型D分支,4株泰安株位于基因型D2。值得注意的是,分离株A1/Taian同澳大利亚株（C179、C062）的全长序列及VP1基因进化关系均较近,且均与本实验室2016年烟台分离株YT184R高度同源。与CV-A4原型株High Point相比,4个泰安株在结构蛋白编码区即P1区共有18个位点发生氨基酸突变。结论 4株泰安CV-A4分离株同国内多数CV-A4株的全基因组及VP1基因均位于同一进化分支,为近期国内流行株,与原型株相比其P1区发生了多个氨基酸变异,值得进一步研究。