利用全基因组关联分析鉴定猪生长性状相关的遗传变异及候选基因

摘要

生长性状是猪重要的经济性状,但该性状属于数量性状,受多基因调控。为筛选影响猪生长性状的候选基因,本实验利用猪中芯一号50K SNP芯片对296头猪进行基因分型,对背膘厚(BF)、眼肌深度(LMD)和眼肌面积(LMA)3个性状进行单步全基因组关联分析(ssGWAS)。本实验确定了26、29、43个相关的5-SNP窗口,分别解释了BF、LMD和LMA 1%及以上的总遗传方差。AIREMLF90软件计算BF、LD和LEA性状的遗传力分别为0.48、0.45和0.56。利用Ensembl数据库Sus Scrofa 11.1版本信息,根据起始位置和终止位置寻找显著位点附近的所有基因,共发现35个与生长性状相关的候选基因。GO和KEGG富集分析显示这些候选基因主要参与代谢途径(Metabolic Pathways)、胚胎骨骼系统发育(Embryonic Skeletal System Development)和脂肪酸降解(Fatty AcidDegradation)等通路。NR5A2、CRH、NEK11、ECHS1和TAPT1等基因可能参与生长性状的调控,本实验结果可为今后的猪分子标记育种提供参考。