猪流行性腹泻病毒山东SD20BZ01株的分离鉴定及遗传进化分析

摘要

为了解山东省猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)基因组遗传演化特征,将山东省滨州市某猪场的PEDV阳性样品接种Vero E6细胞,结果成功分离到1株PEDV,将其命名为SD20BZ01株。通过RT-PCR分段扩增病毒基因组,经测序、拼接获得SD20BZ01株全基因组序列,并将其与GenBank收录的参考毒株序列进行同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,SD20BZ01株与我国2010年以来流行的GII-b亚群变异株序列同源性为97.8%~98.7%,明显高于CV777、DR13、SM98、SD-M等早期经典毒株,因此SD20BZ01属于GII-b亚群变异株。基于S基因的遗传进化关系与基于全基因组序列的遗传进化关系基本一致。与CV777株相比,SD20BZ01株S蛋白在中和抗原表位COE处有10个氨基酸突变,与近年来变异株S蛋白的氨基酸序列基本一致,说明GII-b亚群PEDV的变异规律逐渐趋于稳定。本研究为山东省PEDV流行病学研究及其流行控制策略的制定提供了理论依据。