Dynamic regulation of alternative splicing and chromatin structure in Drosophila gonads revealed by RNA-seq

摘要

抄写和 post-transcriptional 过程例如其他的拼接，在在 metazoans 控制发展节目起关键作用。最近出现的 RNA-seq 方法把我们真核细胞的 transcriptomes 的理解带到新水平，因为它能两个都同时解决基因表示水平和其他的拼接事件。在性腺获得细胞的区别的更好的理解，我们用 RNA-seq 从果蝇睾丸和卵巢分析了 mRNA 侧面。我们识别了有性特定的 isoforms 在的一套基因野类型(WT ) 性腺，包括几个抄写因素。我们发现从无差别的细菌房间的精子的区别导致了拼接的 RNA 的戏剧的 downregulation 因素。我们的数据证实 RNA 拼接事件是显著地在云石(欺骗) 的无差别的充实房间的袋子里更经常在在 WT 的区别之上的变异的睾丸，而是 downregulated 睾丸。与这一致，我们证明基因在 WT 为成熟分裂和终端区别要求睾丸主要在 transcriptional 水平被调整，然而并非由选择拼接。出人意料地，我们在在无差别的充实房间的欺骗睾丸改变因素和 histone 修改酶的染色质的所有家庭的表示观察了增加。更有趣地，有相反的酶的活动的染色质管理者和 histone 修改酶是在在睾丸的无差别的房间的 coenriched，建议这些房间可以拥有动态染色质建筑学。最后，我们的数据表明果蝇 gonadal transcriptomes 的许多新特征，和愿望导致的更全面的理解微分基因表示并且拼接在果蝇调整 gametogenesis。我们的数据为在果蝇在细菌房间生物学的许多有趣的区域拼接的基因表示和选择的系统的学习提供了一个基础，例如性同种二形和在 germline 干细胞系的增长对终端区别程序的规定的分子的基础。为未加工、分析的 RNA-seq 数据的 GEO 就职数字是 GSE16960。