稻瘟病菌含信号肽小蛋白的计算机分析

摘要

结合计算机技术和生物信息学的方法，采用组合的信号肽分析软件SignalP v3，0、TargetP v1，1、Big—PI predictor、TMHMM v2．0和SecretomeP对已公布的1486个稻瘟菌（magnaporthe grisea）小蛋白基因的N-端氨基酸序列进行信号肽分析，同时系统分析了信号肽的类型及结构。分析结果表明，在1486个稻瘟病菌小蛋白中，119个具有N-端信号肽的典型分泌蛋白。其中116个具有分泌型信号肽，1个具RR-motif型信号肽，2个具信号肽酶Ⅱ型信号肽。在稻瘟病菌基因组中，分泌型小蛋白的序列是高度趋异的，仅出现少数氨基酸组成完全一致的信号肽，为进一步确认具有相同信号肽的分泌蛋白是否具有同源性，分别用BLAST 2 SEQUENCES对具有相同信号肽的分泌蛋白进行了序列对比。结果表明，具有相同信号肽的分泌蛋白同源性非常高。同时还采用Subloc v1，0对1486个小蛋白的亚细胞位置进行了预测，结果显示小蛋白的可能功能场所包括细胞质、细胞外、线立体和细胞核,功能场所位于细胞核的小蛋白是最多的。