基于POA有向无环图及隐马尔科夫模型的优化PHMM算法

摘要

随着基因组计划的实施,大量的基因组数据被测序,如何从海量数据中提取出有用的生物学信息,成为生物信息学研究中的重点.序列比对是生物信息学研究的基本方法和主要手段,目前已经有很多比对算法,但如何提高算法敏感性及准确性,仍旧是一个难题.基于这种情况,本文基于POA有向无环图算法及隐马尔科夫模型,创新性的提出一种新的算法PHMM算法,这种算法打破传统的线性序列比对,采用了一种基于图论的渐进比对算法,对参数选择具有一定先进性.