沉默APE-1对肝癌细胞Hep 3B转录组表达谱及TNF信号通路的影响

摘要

目的 探索沉默APE-1对肝癌细胞Hep 3B转录组表达谱及TNF信号通路的影响.方法 基于沉默APE-1表达的肝癌Hep 3B稳定细胞株,进行转录组测序.实验组为APE-1沉默表达的细胞,对照组为转染空白质粒的细胞(n =3).生物信息学分析肝癌细胞差异表达基因变化及差异基因的GO、KEGG、DO功能富集,蛋白互作网络.针对TNF信号通路关键基因TNFAIP3、MAP2K6,RT-PCR检测其在实验/对照组细胞中表达,收集10对肝癌/癌旁临床样本,免疫组化检测其蛋白表达.基于TCGA数据库中374例肝癌患者数据,分析APE-1和TNFAIP3,APE-1和MAP2K6表达相关性.结果 沉默APE-1导致肝癌细胞Hep 3B中84个基因上调,39个基因下调.差异变化前10位的基因为APE-1、CEMIP、MAP2K6、TAF11L11、CNGB1、COL5A3、OTULINL、DNAJC12、FOLR1、ACKR3.RT-PCR 验证 TNFAIP3、MAP2K6在沉默APE-1的肝癌细胞Hep 3B中低表达.TNFAIP3、MAP2K6在临床肝癌组织样本中高表达,且APE-1和TN-FAIP3,APE-1和MAP2K6表达均呈正相关(P＜0.001).结论 APE-1是肝癌发生发展中关键的抗肿瘤基因,其可能通过影响TNF信号通路发挥作用.