普通烟草WOX转录因子家族的全基因组鉴定及分析

摘要

[背景]WOX(WUSCHEL-related homeobox)转录因子家族是植物特有的一类转录因子家族,被报道参与生长发育、细胞间通讯、干细胞分裂分化稳态调控和器官发育等过程.[方法]利用比较基因组学和生物信息学的方法,在烟草基因组中对WOX转录因子成员进行鉴定,并进行进化分析、共线性分析、保守基序分析以及表达模式等分析.[结果](1)从烟草基因组中鉴定出23个WOX转录因子家族成员编码基因,其中15个NtWOX基因定位到染色体上;(2)系统发育分析表明,普通烟草和拟南芥的WOX转录因子被分成了3个亚支和9个亚家族;(3)共线性分析发现若干普通烟草NtWOX基因存在于普通烟草与拟南芥基因组的共线性区段中;(4)复制事件分析表明串联重复或者全基因组重复事件在普通烟草WOX家族扩张中起重要作用;(5)保守基序分析表明同一亚家族内NtWOX成员的保守基序的组织形式高度相似;(6)表达分析表明普通烟草NtWOX基因表达具有组织特异性;(7)GO注释分析发现普通烟草NtWOX转录因子参与组织器官发育、细胞间通讯过程和胁迫响应等生物学过程.[结论]本研究在普通烟草中鉴定并系统分析了WOX转录因子家族成员,为其功能研究奠定基础.