H9N2亚型禽流感病毒基因组全长序列测定和各基因的遗传分析

摘要

用RT-PCR技术及cDNA末端快速扩增法获得禽流感病毒分离株A/Chicken/Shanghai/F/98(H9N2)代表基因组全长的8个基因片段.基因组序列比较及遗传进化分析结果表明,Chicken/Shanghai/F/98的8个基因均不属于Quail/Hong Kong/G1/97亚系,与香港禽流感事件没有直接关系.它与Chicken/Beijing/1/94的HA、NA、M、NS基因同源率分别为96.7%、96.4%、97.5%和98.0%,这4个基因属于Chicken/Beijing/1/94亚系,其中,NA基因与Duck/Hong Kong/Y280/97的同源率为97.4%,而且它们均在205位后缺失9个核苷酸.而PB2、PB1、PA和NP基因与已知的3个亚系关系较远,分别在相应的进化树上另成分支.因此,Chicken/Shanghai/F/98是两个以上不同基因亚系间发生自然重排的产物.