基于添加模体信息和功率谱密度的组合向量预测27类蛋白质折叠子

摘要

以序列相似性低于40%的1895条蛋白质序列构建涵盖27个折叠类型的蛋白质折叠子数据库,从蛋白质序列出发,用模体频数值、低频功率谱密度值、氨基酸组分、预测的二级结构信息和自相关函数值构成组合向量表示蛋白质序列信息,采用支持向量机算法,基于整体分类策略,对27类蛋白质折叠子的折叠类型进行预测,独立检验的预测精度达到了66.67%.同时,以同样的特征参数和算法对27类折叠子的4个结构类型进行了预测,独立检验的预测精度达到了89.24%.将同样的方法用于前人使用过的27类折叠子数据库,得到了好于前人的预测结果.