基于circRNA-miRNA-mRNA网络揭示circRNA在甲状腺乳头状癌中的作用

摘要

背景 甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)是一种常见的内分泌肿瘤,越来越多证据表明circRNA与肿瘤的发展密切相关,但circRNA在PTC中的功能尚不清楚.目的 基于生物信息学方法,构建PTC患者circRNA-miRNA-mRNA网络,探索circRNA在PTC预后中的调控机制.方法 从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)获取PTC患者的circRNA数据,其中肿瘤组6例,对照组6例;miRNA数据中包含肿瘤组5例,对照组5例;mRNA数据中包含肿瘤组32例,对照组51例.分别筛选出差异表达的circRNA、miRNA和mRNA,从而构建circRNA-miRNA-mRNA调控网络;下载癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中PTC患者的RNA-seq数据及临床病例资料,通过Kaplan-Meier分析筛选出与PTC患者预后相关的mRNA,进一步构建与PTC患者预后相关的circRNA-miRNA-mRNA调控网络.结果 根据GEO数据库中的测序数据集,对比肿瘤组与对照组,最终筛选出30个差异表达circRNA、10个差异表达miRNA以及12个差异表达mRNA,成功构建了PTC相关circRNA-miRNA-mRNA调控网络;通过TCGA数据库发现KIT、SFN、SPRY4这3个mRNA与PTC患者预后密切相关,从而建立PTC预后相关circRNA-miRNA-mRNA调控子网络,明确circRNA在PTC中的调控机制.结论 本研究为circRNA通过ceRNA机制影响PTC预后提供依据,并为PTC的治疗和预后判断提供理论基础和新见解.