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摘要
第一章 绪论
1．1．1 连作障碍的危害
1．1．2 连作障碍发生的原因
1．1．3 连作障碍防治措施
1．2 土壤微生物多样性的研究概述
1．2．1 土壤微生物
1．2．2 土壤微生物多样性研究进展
1．2．3 森林土壤微生物群落结构及其影响因素
1．2．4 森林土壤微生物多样性问题及展望
1．3 棘托竹荪的研究现状
1．3．1 棘托竹荪的分类
1．3．2 棘托竹荪的生物学特性及营养价值
1．3．3 棘托竹荪的连作障碍及其性状表现
1．3．4 棘托竹荪栽培特点
1．4 本课题选题依据及创新点
1．5 研究内容、目的与意义及技术路线图
1．5．1 研究内容
1．5．2 研究目的与意义
1．5．3 技术路线图
第二章 棘托竹荪连作对土壤细菌群落结构的影响
2．1 实验区域概况
2．2 实验样地设置
2．3 主要试剂和仪器
2．4 实验方法
2．4．1 土壤理化性质分析
2．4．2 土壤样品高通量测序
2．4．3 生物信息学分析
2．5 结果与分析
2．5．1 棘托竹荪土壤理化性质分析
2．5．2 测序数据的处理
2．5．3 OTU注释及表达谱
2．5．4 物种丰富度分析
2．5．5 土壤细菌微生物群落和土壤理化性质之间的关系
2．5．6 土壤细菌微生物群落差异分析
2．5．7 细菌群落结构分析
2．5．8 棘托竹荪土壤细菌群落结构及进化分析
2．5．9 细菌群落功能基因差异
2．6 小结
2．6．1 种植棘托竹荪对土壤理化性质的影响
2．6．2 种植棘托竹荪对土壤细菌多样性的影响
2．6．3 种植棘托竹荪对土壤细菌群落结构的影响
2．6．4 不同土壤细菌群落组成及潜在功能比较
第三章 棘托竹荪土壤微生物群落结构与功能
3．1 材料与方法
3．1．1 宏基因组测序
3．1．2 数据预处理
3．1．3 宏基因组组装
3．1．4 基因预测及丰度计算
3．1．5 物种注释
3．1．6 功能注释
3．2 结果与分析
3．2．1 测序数据质量控制
3．2．2 序列组装
3．2．3 基因预测
3．2．4 微生物的群落结构
3．2．5 功能注释
3．2．6 代谢通路
3．3 小结
3．3．1 棘托竹荪种植对土壤微生物功能基因的影响
3．3．2 棘托竹荪种植对信号转导系统的影响
3．3．4 棘托竹荪种植对Ｃ循环的影响
第四章 流溪河生态公益林下土壤细菌多样性
4．1 研究区概况
4．2 研究方法
4．2．1 样地设置和群落调查
4．2．2 样品采集
4．2．3 主要试剂和仪器
4．2．4 土壤DNA提取
4．2．5 数据分析
4．2．6 统计学分析
4．3 结果与分析
4．3．1 不同密度林分类型土壤养分含量
4．3．2 测序数据分析
4．3．3 微生物多样性指数
4．3．4 细菌群落组成
4．4 小结
4．4．1 流溪河生态公益林下土壤细菌的多样性
4．4．2 林分密度影响土壤细菌的多样性、丰富度及其群落结构
4．4．3 流溪河区域中密度林分更适于土壤细菌的繁衍生息
4．4．4 土壤的肥力状况受林分密度、灌木杂草的影响
4．4．5 16S rRNA基因的基因组异质性
第五章 总结与展望
5．1 结论
5．1．1 棘托竹荪土壤细菌多样性结论
5．1．2 流溪河生态公益林下土壤细菌多样性结论
5．2 展望
5．2．1 棘托竹荪土壤细菌多样性
5．2．2 流溪河生态公益林土壤细菌多样性
参考文献
在读期间的学术研究
致谢
