漠河地区冻土层岩芯和赤水河水体中新种微生物的分离与鉴定

摘要

本文对漠河盆地冻土区天然气水合物试验井MK-2岩芯中和赤水河茅台段河水中分离出的两株疑似新种微生物进行了多相分类学鉴定研究，包括基因型特征、表型特征和化学特征等多方面，通过与已知菌株进行对比，最终确定疑似菌株的分类学地位。菌株M0322T是从漠河盆地泥岩样品中分离出来的呈明显黄色，革兰氏阴性，无鞭毛的棒状杆菌。可以生长的温度范围是15-40℃，最适温度30℃;可以生长的pH范围是5.0-10.0，最适pH范围为6.0-7.0;可生长盐度范围0-4％(w/v) NaCl，最适生长盐度0％NaCl。16S rRNA基因序列对比结果显示，菌株M0322T属于Altererythrobacter属，与之相似度最高的菌株是Altererythrobacter aestuarii JCM16339T(96.1％)和Altererythrobacternamhicola JCM16345T(95.7％)。细菌主要的泛醌类型为Q-10;主要极性脂为:磷脂酰乙醇胺(PE，phosphaticylethanolamine)、磷脂酰甘油(PG，phosphatidylglycerol)、磷脂酰胆碱(PC，phosphatidylcholine)、一种未知的糖脂和两种未知的磷脂;主要脂肪酸为summed feature3(C16∶1ω6c和/或C16∶1ω7c)、summed feature8(C18∶1ω6c和/或C18∶1ω7c)和11-Methyl C18∶1ω7c(22.0％)。G+C mol％含量为64.6 mol％。根据多相分类学研究证据表明，菌株M0322T被考虑作为Altererythrobacter属的一个新种，命名为Altererythrobacter mohensis sp.nov。模式株M0322T(=CGMCC1.12871T=JCM30112T)。菌株YT8T是从中国赤水河茅台段河水水体中分离出来的一株半透明至白色的革兰氏阴性，兼性厌氧，无鞭毛的弧菌。该细菌细胞对氧化酶和过氧化氢酶反应呈阳性。16S rRNA基因序列对比结果显示，菌株YT8T属于Arenimonas属，与该属其他菌株的相似度范围为93.7％-95.0％。主要的呼吸醌类型是泛醌Q-8。菌株YT8T的主要极性脂∶磷脂酰乙醇胺(PE:Phosphaticylethanolamine)，一种未知的胺脂(AL:one unknownaminolipid)，两种未知的磷脂(PL: unknown phospholipid)和两种未知的极性脂(L: unknown polar lipids)。主要脂肪酸类型为iso-C15∶0，iso-C14∶0和anteiso-C15∶0。G+C mol％含量为66.6 mol％。根据多相分类学研究证据表明，菌株YT8T被提议作为Arenimonas属的一个新种，命名为Arenimonasmaotaiensis sp.nov。模式株YT8T(=CGMCC1.12726T=JCM19710T)。

目录

声明

摘要

符号缩写说明

第一章 绪论

1．1．冻土区微生物研究概况

1．2 漠河地区概况

1．2．1 漠河地质环境简介

1．2．2 漠河地质微生物研究进展

1．3 赤水河概况

1．3．1 赤水河地理位置及环境简介

1．3．1 赤水河新种微生物发现情况

1．4 环境微生物有关研究方法

1．4．1 样品的采集与处理

1．5 原核微生物新种鉴定

1．5．1 新种微生物的基因型分类

1．5．2 新种微生物表型分类

1．5．3 新种微生物化学分类

1．6 Altererythrobacter属和Arenimonas属简介

1．7 本课题的研究目的和意义

第二章 岩芯样品的采集与处理

2．1 引言

2．2 实验材料

2．3 实验方法

2．3．1 岩芯样品的采集及运输

2．3．2 岩芯样品的切割与研磨

2．4 结果与讨论

2．4．1 岩芯样品的采集结果

2．4．2 岩芯样品切割与研磨结果

2．4．3 样品的深度和岩性

2．5 本章小结

第三章 岩芯样品中可培养微生物的分离及新种的发现

3．1 引言

3．2 实验材料

3．3 实验方法

3．3．1 理化性质测定

3．3．2 涂布法和划线法分离可培养微生物

3．3．3 菌种的保藏

3．3．4 16S rRNA基因的扩增及测序

3．3．5 菌种的鉴定

3．4 结果与讨论

3．4．1 理化性质

3．4．2 菌落计数

3．4．3 菌种的鉴定结果

3．5 本章小结

第四章 漠河岩芯样品中新种微生物鉴定

4．1 引言

4．2 实验材料

4．2．1 实验仪器

4．2．2 培养基的配制

4．2．3 显色剂和相关溶液的配制

4．2．4 其他实验材料

4．3 实验方法

4．3．1 16S rRNA基因的测定

4．3．2 系统发育分析及建立系统发育树

4．3．3 表型特征

4．3．4 化学分类

4．4 结果与讨论

4．4．1 16S rRNA基因的测定结果

4．4．2 系统发育分析结果

4．4．3 表型特征描述

4．4．4 化学分类结果

4．5 本章小结

第五章 赤水河水体中新种微生物的发现与鉴定

5．1 引言

5．2 实验材料

5．3 实验方法

5．3．1 河水中疑似新种微生物的分离

5．3．2 16S rRNA基因的测定和系统发育树的构建

5．3．3 表型特征分析

5．3．4 化学分类

5．5 结果与讨论

5．5．1 疑似新种分离结果

5．5．2 16S rRNA基因的测定结果和系统发育分析结果

5．5．3 表型特征描述

5．5．4 化学分裂结果

5．5 本章小结

第六章 结论与展望

6．1 结论

6．2 展望

参考文献

附录

致谢

研究成果及发表的学术论文

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