我国沿海三种帘蛤科贝类种群遗传多样性及遗传结构研究

摘要

帘蛤科是我国沿海的经济贝类之一，广泛分布于我国海岸线及河口地区。近年来海洋污染的加剧、过度的捕捞及栖息地的破坏，使得其资源量呈下降趋势。帘蛤科贝类在我国海洋经济中占有重要地位。目前，已开展养殖的有文蛤（Meretrix meretrix）、青蛤（Cyclina sinensis）等12个种。此外，还有很多种类具有潜在的开发价值。目前，国内对帘蛤科的研究主要集中在育苗和养殖技术方面，基础研究还相对滞后。本研究主要采用线粒体DNA标记对我国沿海帘蛤科中三种贝类斧文蛤（Meretrix lamarckii），文蛤(Meretrix meretrix)及等边浅蛤(Gomphina aequilatera)的群体的遗传多样性进行分析。研究结果如下：　　1.本研究从138个斧文蛤中获得了片段长582bp的COI基因序列，检测出15个多态性位点和28个单倍型，从125个个体中获得片段长为1168bp的Cytb基因序列，包含18个多态位点和22个单倍型。COI的单体型多样性和核苷酸多样性分别为0.733±0.035和0.00304±0.00023， Cytb的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.789±0.036和0.00211±0.00018。FST结果显示舟山（ZS）和象山（XS）群体分别与温州（WZ），漳浦（ZP），汕头（ST）和湛江（ZJ）群体之间有显着的遗传差异（P<0.01）（除基于两个基因的的XS群体与ZJ群体之间的FST，和基于Cytb的XS群体与WZ群体之间的 FST，（ P>0.01））。这与单倍型网络图、UPGMA系统进化树以及STRUCTURE聚类图结构一致。分子方差分析结果表明，81.81％（COI）和80.90％（Cytb）的变异来自群体内群体内（P<0.05）。因此，中国海域斧文蛤具有明显的遗传差异。　　2.本研究从122个文蛤中获得片段长为672bp的COI基因序列，共检测出33个单倍型；从134个个体中获得片段长为685bp长的Cytb基因片段，共检测出33个单倍型。COI的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.968和0.01697，Cytb基因的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.959和0.01288。FST结果表明青岛（QD）、盐城（YC）和南通（NT）群体与漳州（ZZ）、珠海（ZH）、北海（BH）和海口（HK）群体发生了显著地遗传分化（ P＜0.05）。这和 NJ系统发育树、单倍型网络图及STRUCTURE聚类图结果一致。分子方差分析结果显示，93.12％（COI）和90.91％（Cytb）的变异来自群体内群体内（P<0.05）。　　3.从77个等边浅蛤个体中获得的685 bp的COI基因序列并进行测序，共检测到37个多态性位点和33个单倍型。对81个样品中中获得的对350bp片段的12S rRNA基因的进行测序，并检测到4个多态性位点和7个单倍型。COI基因的单倍型多样性处于较高水平，而12S rRNA检测的单倍型多样性处于中等水平。在COI基因中显示出较为显著地FST值，其中ZS和BH群体之间的尤为显著（FST=0.444）；在12S rRNA中同样显示出相同的结果。单倍型网络图表明舟山和北海群体之间存在明显的遗传分化，这与FST分析结果一致。分子方差分析结果显示群体内部和群体间都有很显著地遗传差异。　　我们的实验结果表明三个帘蛤科贝类均发生了明显的遗传分化。

目录

声明

第一章 引言

1.1三种帘蛤科贝类的研究现状

1.1.1帘蛤科的分类地位及经济价值

1.1.2斧文蛤的研究现状

1.1.3 文蛤的研究现状

1.1.4等边浅蛤的研究现状

1.2 遗传多样性及其研究方法

1.3 分子标记及线粒体DNA标记

1.4 线粒体 DNA标记在水产动物种群遗传中的应用

1.5本研究的目的、研究内容和意义

第二章 基于COI及Cytb基因分析我国沿海6个斧文蛤群体的遗传多样性及遗传结构

2.1.材料与方法

2.1.1实验材料收集

2.1.2.实验仪器及试剂

2.1.3 实验方法

2.1.4 数据处理及分析

2.2结果

2.2.1群体内遗传变异

2.2.2群体遗传差异

2.3.讨论

2.3.1群体遗传多样性处于中等水平

2.3.2遗传结构分两部分

第三章我国沿海7个文蛤群体遗传多样性及遗传结构分析

3.1材料与方法

3.1.1 实验材料

3.1.2样品采集

3.1.3实验方法

3.1.4 数据分析

3.2 结果

3.3讨论

3.3.1群体遗传多样性高

3.3.2群体分化为两支

第四章 我国沿海4个等边浅蛤群体遗传多样性及遗传结构分析

4.1 材料与方法

4.1.1 实验材料

4.1.2样品采集

4.1.3 实验方法

4.1.4 数据分析

4.2 结果

4.2.1 遗传变异

4.2.2群体遗传结构

4.3 讨论

第五章 结论

参考文献

致谢

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