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论文说明:图表目录
声明
第1章 绪论
1.1研究背景
1.1.1 GPGPU
1.1.2 CUDA
1.1.3数据并行应用
1.2相关工作
1.2.1 Imagine上的合作计算模式
1.2.2 CELL上的合作计算模式
1.3 CPU/GPU合作计算模式研究意义
1.3.1 GPU负载平衡度
1.3.2 CPU、GPU利用率
1.4论文的研究目标和主要工作
1.5论文的结构
第2章CUDA编程模型及体系结构
2.1 CUDA编程模型
2.2.1主机与设备
2.2.2线程结构
2.2.3硬件映射
2.2 CUDA存储器模型
2.2.1寄存器
2.2.2局部存储器
2.2.3共享存储器
2.2.4全局存储器
2.2.5常数存储器
2.2.6纹理存储器
2.3 CUDA硬件架构
2.3.1 SPA
2.3.2 存储器系统
2.4小结
第3章CPU/GPU异步计算模式的设计与实现
3.1主/辅助数据管理结构
3.1.1 GPU负载平衡度
3.1.2额外时间、空间消耗
3.1.3通用性
3.2线程划分
3.2.1数据读入线程
3.2.2 CPU计算线程
3.2.3主控GPU计算线程
3.3线程间同步与通信
3.3.1轮询
3.3.2信号量
3.4生产-消费速度对模式的影响
3.4.1 Vp远小于Vc
3.4.2 Vp与Vc类似
3.4.3 Vp远大于Vc
3.5小结
第4章CPU/GPU异步计算模式的性能评测
4.1 HMMER
4.1.1隐马尔可夫模型HMM
4.1.2 HMM在生物信息学的应用
4.1.3 HMMER及其各种平台实现
4.2主/辅助数据管理结构体与线程划分实现
4.3性能评测
4.3.1 同/异步模式性能
4.3.2 各因素对异步模式的影响
4.4小结
第5章全文总结
5.1研究工作和成果
5.2未来工作的展望
参考文献
在读期间发表的学术论文与取得的研究成果
在读期间参与的科研项目
致 谢
中国科学技术大学;