自由移动下秀丽线虫神经环路钙成像采集和分析系统的搭建

摘要

秀丽线虫作为一种常见的模式生物，通体透明，便于观察。其神经系统解剖结构简单，神经环路连接的物理图谱已被完全解析，是进行神经环路研究的理想模型之一。GCaMP是一种钙离子荧光指示剂，可将神经元细胞内钙离子浓度的变化转换为荧光蛋白荧光亮度的变化。现今对秀丽线虫神经环路的研究多以固定或半固定线虫为研究对象，但若能观察完全自由移动下神经环路的活动，则可得到更接近真实情况的结果。本课题的内容即研究如何组建一套硬件设施及配套的硬件控制、数据分析的软件系统，以达到实时观察秀丽线虫在自由移动的情况下头部神经元的钙荧光变化，进而得知各神经元与线虫活动状态的关系，以及这些神经元之间功能上的联系。
　　为采集得到该钙荧光变化，使用压电陶瓷控制物镜上下周期性移动，扫描不同高度处的神经元活动，并通过共聚焦显微镜成像。同时，为实时跟踪线虫的自由移动，通过对红外成像或荧光成像进行分析，并将结果分析反馈给平台，平台可在水平方向移动，使线虫实时处于物镜的视野中心。
　　采集得到图像后，使用基于光流法及高斯混合模型的算法，对图像中的神经元荧光进行半自动识别分析，得到线虫神经元的活动变化，配合对红外录像中线虫运动状态的分析，最终得到神经环路在线虫运动中的作用。

目录

声明

摘要

引言

第1章 实验背景

1．1 秀丽线虫与神经生物学

1．2 荧光蛋白介绍

1．3 实验所用硬件介绍

1．电动平台

2．共聚焦显微镜

3．压电陶瓷

4．sCMOS相机

5．CCD相机

1．4 实验所用开发环境介绍

1．MinGW

3．Make工具

4．SDK

5．LabVIEW

6．MATLAB

第2章 实验材料

2．1 总述

2．2 QW9341

2．3 QW1520

第3章 系统开发结果

3．1 图像采集装置介绍

1．硬件设施介绍

2．对该采集装置的讨论

3．2 线虫跟踪成像程序介绍

1．总述

2．红外成像追踪程序介绍

3．荧光追踪程序介绍

3．3 线虫共聚焦成像程序介绍

1．总述

2．共聚焦成像程序介绍

3．共聚焦成像部分介绍

4．压电陶瓷控制部分介绍

3．4 数据分析程序介绍

1．总述

2．数据分析程序使用前的预处理介绍

3．数据分析程序界面功能及使用方法介绍

4．数据分析程序处理原理介绍

5．其他分支的处理程序与上述分支中的主要不同点

第4章 系统测试结果

4．1 线虫荧光数据采集，分析过程

4．2 QW9341

4．3 QW1520

4．4 对实验结果的讨论

第5章 总结与展望

参考文献

致谢