核lncRNAs与基因组特定位点结合及调控临近基因表达的机制研究

目录

声明

摘要

1前言

1．1长非编码RNA概述

1．1．1长非编码RNA的概念

1．1．2长非编码RNA的分类及功能

1．2长非编码RNA与特定基因组位点的结合

1．3长非编码RNA与胚胎干细胞多能性

1．4长非编码RNA与表观遗传修饰的建立

1．4．1激活型组蛋白修饰的建立

1．4．2抑制型组蛋白修饰的建立

1．5本研究的目的与意义

2材料与方法

2．1实验材料

2．1．1小鼠胚胎干细胞

2．1．2主要仪器与设备

2．1．3主要试剂与试剂盒

2．1．4主要引物列表

2．1．5常用试剂及配置

2．1．6常用生物信息学数据库及软件

2．2实验方法

2．2．3LncRNA二级结构预测及游离序列提取

2．2．4LncRNA基因组结合位点预测

2．2．5CHIRP-seq及数据处理与分析

2．2．6ChIP-seq数据处理与分析

2．2．7LncRNA亚细胞定位检测

2．2．8总RNA提取

2．2．9总RNA反转录

2．2．10实时荧光定量PCR

3结果与分析

3．1核lncRNAs游离序列及全基因组结合位点的预测

3．1．1小鼠胚胎干细胞中核lncRNAs的筛选

3．1．2核lncRNAs二级结构的预测及游离序列的获取

3．1．3核lncRNAs全基因组结合位点的预测

3．2核lncRNAs全基因组结合位点的验证

3．3核lncRNAs调控结合位点I临近基因的表达

3．4核lncRNAs介导结合位点的特定表观遗传修饰调控临近基因的表达

3．4．2干扰linc1393对mESCs多能性的影响

3．4．3Linc1393结合位点的特定表观遗传修饰

4讨论

5结论

致谢

参考文献

攻读硕士学位期间发表的学术论文