基于转录组测序对当归开花基因AsAP1和AsAGL9的克隆及序列分析

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缩略词表

第一章 文献综述

1.1 当归概述

1.2 植物开花研究进展

1.2.1 花的发育过程

1.2.2 植物开花主要调控途径

1.2.3 APETALA1及其同源基因促进植物开花

1.2.4 AGAMOUS及其同源基因促进植物开花

1.3 转录组测序技术在挖掘植物开花相关基因中的应用

1.4 研究目的与意义

1.5 技术路线

第二章 材料与方法

2.1 供试材料

2.2 实验仪器和试剂

2.2.1 实验仪器设备

2.2.2 试剂

2.3 转录组测序方法及数据分析

2.3.1 RNA提取与检测

2.3.2 转录组文库构建、测序与组装

2.3.3 蛋白功能注释

2.3.4 微卫星序列的搜索

2.3.5 基因差异表达计算

2.3.6 差异表达基因的KEGG富集

2.3.7 当归早期开花候选基因的筛选

2.4 基因克隆与生物信息学分析

2.4.1 引物设计

2.4.2 RNA反转录

2.4.3 cDNA的PCR扩增

2.4.4 载体的转化

2.4.5 重组子的筛选

2.4.6 AsAP1、AsAGL9基因生物信息学分析

第三章 实验结果

3.1 当归不同组织转录组数据分析

3.1.1 当归不同组织RNA电泳图

3.1.2 测序和序列组装

3.1.3 蛋白功能注释结果

3.1.4 KOG数据库注释

3.1.5 SNP筛选与分析

3.1.6 微卫星信息分析

3.1.7 GO数据库注释

3.1.8 差异表达基因的KEGG富集分析

3.1.9 调控开花途径的基因表达谱及候选基因筛选

3.1.10 早期抽薹开花相关基因分析

3.2 当归AP1同源基因的克隆及生物信息学分析

3.2.1 AsAP1基因的克隆及其蛋白一级结构理化性质

3.2.2 AsAP1基因蛋白亲疏水性分析

3.2.3 AsAP1蛋白保守结构域及二级结构预测

3.2.4 AsAP1基因蛋白跨膜结构、信号肽预测及亚细胞定位

3.2.5 AsAP1基因蛋白质磷酸化位点预测

3.2.6 AsAP1基因蛋白同源性比较及系统进化树分析

3.3 当归AGL9同源基因的生物信息学分析

3.3.1 AsAGL9基因扩增结果及其蛋白一级结构理化性质

3.3.2 AsAGL9基因蛋白亲疏水性分析

3.3.3 AsAGL9基因蛋白保守结构域的鉴定及二级结构预测

3.3.4 AsAGL9基因蛋白跨膜结构、信号肽预测及亚细胞定位

3.3.5 AsAGL9基因蛋白质磷酸化位点预测

3.3.6 AsAGL9基因同源性比对及系统进化树分析

第四章 结论

第五章 讨论与展望

5.1 当归转录组测序分析

5.2 当归成花调控途径分析

5.3 当归开花AP1和AGL9同源基因克隆及进化分析

5.3.1 AsAP1基因

5.3.2 AsAGL9基因

5.4 展望

参考文献

附录1

附录2

致 谢

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