系统性识别、注释与分析细菌与古细菌中CRISPR-Cas系统及其相关元件

目录

声明

第一章 绪 论

1.1 CRISPR系统的国内外研究现状

1.2 研究工作的目的与意义

1.3 研究工作的创新

1.4 研究工作的主要内容

第二章 数据准备及处理方法

2.1 数据收集

2.1.1 细菌和古细菌的蛋白组与基因组数据

2.1.2 已知的Cas蛋白与Cas蛋白种子比对数据

2.2 CRISPR系统中各组分的预测方法

2.2.1 HMMER算法预测Cas蛋白

2.2.2 CRISPR序列的预测方法

2.2.3 tracrRNA序列的预测思路

2.2.4 PAM序列的预测思路

2.2.5 数据的标准化与注释

2.3 本章小结

第三章 CRISPR-Cas系统各组分预测结果与讨论

3.1.1 Cas蛋白及Cas蛋白簇的注释

3.1.2 CRISPR序列的结果展示

3.1.3 PAM序列的结果展示

3.1.4 tracrRNA的结果展示及比较

3.2 CRISPR-Cas系统的分型方法

3.3 讨论

3.4 本章小结

第四章 CasPDB数据库的构建及使用方法

4.1 CasPDB数据库的构建

4.2 CasPDB数据库的使用方法

4.2.1 CasPDB的基本功能

4.2.2 CasPDB的数据展示

4.2.3 CasPDB的扩展功能

4.3 本章小结

第五章 全文总结与展望

5.1 全文总结

5.2 后续工作展望

致谢

参考文献

附录

攻读硕士学位期间取得的成果