基于信息熵的差异基因发现及轨迹推断算法研究

目录

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第一章 绪论

1.1研究背景

1.2研究问题及意义

1.3 国内外研究现状

1.3.1 差异基因发现研究现状

1.3.2 细胞轨迹推断研究现状

1.4本文研究内容和主要贡献

1.5论文章节安排

第二章 相关理论和技术

2.1 相关生物学知识

2.1.1单细胞RNA测序技术

2.1.2蛋白质相互作用网络

2.1.3基因富集分析

2.2 相关数据挖掘方法

2.2.1 数据预处理

2.2.2信息熵

2.2.3聚类算法

2.2.4数据降维

2.2.5 细胞轨迹推断研究所用技术

2.3本章小结

第三章 基于信息熵的差异基因发现算法

3.1问题描述

3.2 基于信息熵的差异基因发现算法DiffGE

3.2.1 DiffGE算法的主要思想

3.2.2 DiffGE算法的主要步骤

3.3 实验数据

3.4 实验结果分析

3.4.1 算法评估指标

3.4.2与现有方法对比

3.4.3 差异基因富集分析

3.5 本章总结

第四章 基于信息熵的细胞轨迹推断算法

4.1 问题描述

4.2基于信息熵的轨迹推断算法TiEntropy

4.2.1 TiEntropy算法基本思想

4.2.2 TiEntropy算法主要步骤

4.3 实验数据

4.4 实验结果分析

4.4.1 轨迹算法的评估指标

4.4.2伪时间排序

4.4.3轨迹的基因表达分析

4.4.4 与现有的轨迹推断算法比较

4.5 本章总结

第五章 总结与展望

5.1 本文工作总结

5.2 未来展望

参考文献

致谢