声明
摘要
1．1．1酶的混杂性
1．1．2糖苷水解酶的混杂性
1．1．3糖苷水解酶混杂性的分子机制
1．2蛋白质工程与酶混杂性的改造
1．3研究蛋白质分子动态的重要方法：分子动力学模拟
1．3．1 分子动力学模拟简介
1．3．2 分子动力学模拟在混杂性研究中的应用
1．3．3 分子对接技术及其在酶与底物相互作用研究中的应用
1．4立题依据
2第二章GH11和GH12家族酶功能混杂性差异的探究
2．1系统与方法
2．1．1生物信息学软件与网站
2．1．2序列比对与结构比对
2．1．3活性架构氨基酸的获取和频率统计
2．1．4绘制活性架构序列谱
2．1．5活性中心序列谱稳定性检验
2．1．6蛋白质结晶结构的获取及筛选
2．1．7分子动力学模拟参数设置
2．1．8数据分析方法
2．2结果与讨论
2．2．2 GH11和GH12家族活性架构氨基酸分布的比较
2．2．3 GH11和GH12家族活性架构氨基酸整体构象分布的比较
2．2．4 GH11和GH12家族活性架构亚位点上氨基酸构象类型的比较
2．2．5结合位点氨基酸的构象变化对酶活性架构整体构象产生的影响
2．3小结
3第三章GH12家族活性架构中Loop对功能混杂性的影响
3．1材料与方法
3．1．1蛋白质晶体结构的处理
3．1．2分子动力学模拟参数
3．1．3酶与底物结合能的计算
3．2结果与讨论
3．2．1 TrCel12A和HsCel12A的序列比对与结构分析
3．2．2 TrCel12A与不同底物分子结合的能量分析
3．3小结
4第四章温度对GH29家族酶分子功能混杂性的机制探究
4．1材料与方法
4．1．1蛋白质结构的准备
4．1．2分子模拟实验体系的参数设定
4．1．3数据分析
4．2结果与讨论
4．2．1 BfNCTC9343整体蛋白质结构的柔性分析
4．2．2 不同温度条件下BfNCTC9343骨架运动的可视化分析
4．2．3 不同温度条件下BfNCTC9343活性架构的主成分分析
4．2．4计算机模拟辅助Bf NCTC9343的混杂性改造
4．3小结
全文总结与展望
附录
参考文献
致谢
攻读学位期间参与发表的学术论文
学位论文评阅及答辩情况表
山东大学;
