基于神威·太湖之光超级计算机的高性能分子动力学算法设计与优化

目录

声明

摘要

1．1研究背景

1．2国内外研究现状

1．3本文主要工作

1．4本文组织架构

2．1分子动力学

2．1．1研究方法

2．1．2分子动力学软件

2．2神威·太湖之光系统简介

2．2．1 SW26010众核处理器

2．2．2并行模式

2．3本章小结

第3章分子动力学LAMMPS的优化

3．1困难与挑战

3．2从核数学函数库

3．3从核并行与核间通信

3．3．1从核并行

3．3．2核间通信

3．4向量化

3．5本章小结

第4章分子动力学GROMACS的优化

4．1困难与挑战

4．2使用RDMA技术

4．3 IO读写优化

4．4本章小结

第5章分子动力学AMBER的优化实现

5．1困难与挑战

5．2软件cache模拟

5．2 hilbert曲线算法的应用

5．3本章小节

第6章实验结果分析与总结

6．1 LAMMPS优化效果分析

6．1．1正确性验证

6．1．2单节点性能分析

6．2 GROMACS优化效果分析

6．2．1正确性验证

6．2．2多节点性能分析

6．3 AMBER优化效果分析

6．3．1正确性验证

6．3．2单节点性能分析

6．4本章小结

7．1总结

7．2展望

参考文献

致谢

攻读学位期间的科研成果和参加科研项目情况