EST--SNP分子标记技术在茶和咖啡中的开发与应用

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摘要

英文缩略表／Abbreviations

第一章文献综述

1．1．1茶树种质资源

1．1．2咖啡种质资源

1．2分子标记技术主要技术及其优缺点

1．2．1限制性片段长度多态性(RFLP)

1．2．2随机扩增多态DNA(RAPD)

1．2．3扩增片段长度多态性(AFLP)

1．2．4简单重复序列(SSR)

1．2．5单核苷酸多态性(SNP)

1．3．1分子标记技术在茶树上的应用

1．3．2分子标记技术在咖啡上的应用

1．4分子标记技术发展趋势

1．4．1SNP标记的开发

1．4．2 SNP主要检测方法

1．5．1研究目的及意义

1．5．2本研究的技术路线

第二章茶树EST-SNP标记开发以及茶树品种鉴定

2．1材料和方法

2．1．1利用EST和核苷酸序列挖掘SNP

2．1．2候选SNP的验证

2．1．2 DNA提取

2．1．3引物的合成及预扩增

2．1．4 Fluidigm高通量基因分型

2．1．5数据分析

2．2结果与分析

2．2．1茶树SNP标记的开发

2．2．2不同试剂盒提取基因组DNA质量比较

2．2．3茶树SNP标记描述性统计分析

2．2．4茶树品种间遗传关系

2．3讨论

第三章SNP标记在商品茶鉴定中的应用

3．1材料和方法

3．1．1试验材料

3．1．2DNA提取

3．1．3引物的合成及预扩增

3．1．4 Fluidigm高通量基因分型

3．1．5数据分析

3．2结果与分析

3．2．1商品茶DNA提取

3．2．2 SNP标记概要信息及在测试样品SNP指纹的匹配度

3．2．3测试茶样品间的遗传关系

3．3讨论

第四章利用SNP标记鉴定地理标志茶产品—以福建白茶为例

4．1材料和方法

4．1．1试验材料

4．1．2引物合成及预扩增

4．1．3 Fluidigm高通量基因分型

4．1．4数据分析

4．2结果与分析

4．2．1福建白茶的适制品种及品质特征

4．2．2具有多态性的SNP标记的筛选

4．2．3种质资源和加工白茶样品基因型一致性分析

4．2．4 SNP多态性和描述性统计

4．2．5测试样品之间的遗传关系

4．2．6群体结构

4．2．7分配测试结果

4．3讨论

第五章咖啡EST-SNP分子标记开发及应用

5．1材料和方法

5．1．1利用EST和核苷酸序列挖掘SNP

5．1．2候选SNP的验证

5．1．3数据分析

5．2结果与分析

5．2．1咖啡SNP标记的开发

5．2．2具有多态性的SNP标记的筛选

5．2．3咖啡种质资源鉴定

5．2．4试验品种／种质之间的遗传关系

5．2．3 SNP标记对咖啡豆的鉴定

5．3讨论

5．3．1从ESTs开发咖啡SNP分子标记的可行性

5．3．2咖啡品种鉴定

5．3．3咖啡豆鉴定

全文结论

创新点

参考文献

附表

致谢

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