药用植物穿心莲中茉莉酸甲酯调节的isoform表达水平分析

目录

声明

缩略词附表

第1章 引言

1.1 穿心莲活性成分生物合成及调控的研究进展

1.1.1 穿心莲研究概况

1.1.2 穿心莲组学的研究进展

1.1.3 穿心莲内酯的生物合成及调控

1.2 DNA测序技术研究进展

1.2.1 第一代测序技术

1.2.2 第二代测序技术

1.2.3 第三代测序技术

1.3 TGS测序技术的应用

1.4 可变剪接在植物中广泛存在

1.4.1 可变剪接的机制及影响

1.4.2 转录组测序技术用于植物可变剪接事件分析

1.4.3 可变剪接的生物学意义

1.4.4 IR事件涉及到多种植物进程中

1.5 研究创新点

第2章 药用植物穿心莲全长转录组测序及MeJA处理后IR isoform的表达分析

2.1 研究内容及目的

2.2 实验材料

2.2.1 实验试剂

2.2.2 实验仪器

2.2.3 实验样本

2.3 实验方法

2.3.1 RNA提取

2.3.2 ILLumina Hiseq2500 cDNA文库构建及上机测序

2.3.3 PacBio RSII cDNA文库构建及上机测序

2.3.4 SMRT long reads的前处理

2.3.5 Isoform鉴定及预测，可变剪接类型鉴定

2.3.6 Isoform定量和IR isoform的差异表达分析

2.3.7 差异表达的IR isoform的基因本体（gene ontology, GO）富集分析

2.4 结果与分析

2.4.1 SMRT long reads的质量

2.4.2 Isoform鉴定及分类

2.4.3 不同时间点IR isoform的表达水平初步分析

2.4.4 IR isoform的差异表达

2.4.5 差异表达IR isoform的GO富集分析

2.5 讨论

第3章 穿心莲内酯生物合成途径基因IR isoform表达模式分析

3.1 研究内容及目的

3.2 实验材料

3.2.1 实验试剂

3.2.2 常用试剂处理

3.2.3 实验仪器

3.3 实验方法

3.3.1 IR isoform的表达模式分析

3.3.2 RNA提取

3.3.3 RNA反转录

3.3.4 RT-PCR和qRT-PCR实验引物

3.3.5 RT-PCR反应体系

3.3.6 RT-PCR反应条件

3.3.7 RT-PCR产物电泳检测

3.3.8 qRT-PCR反应体系

3.3.9 qRT-PCR定量

3.4 结果与分析

3.4.1 与穿心莲内酯生物合成途径有关的基因可变剪接分析

3.4.2 IR isoform的RT-PCR和qRT-PCR验证

3.5 讨论

第4章 结论与展望

致谢

参考文献

攻读硕士期间获得与学位论文相关的科研成果

附图

附表