樱桃谷鸭胚胎毛囊发育miRNAs表达谱及相关差异表达基因的研究

摘要

羽绒性状是鸭重要的经济性状之一。羽毛发育受多种因素的影响，其中遗传因素发挥重要作用。miRNA可通过调节基因表达进而影响羽毛发育。本研究通过对樱桃谷鸭胚胎期不同发育阶段毛囊发育miRNA表达谱的研究，从miRNA水平上揭示影响羽毛发育遗传调控的关键分子，为鸭羽毛发育的遗传机理提供科学理论基础。
　　试验选取樱桃谷鸭胚胎期E11、E15、E20和出雏1d皮肤样品（每时期3个重复），建立各时期miRNA表达谱文库，同时选取差异表达miRNA进行qRT-PCR验证，miRNA与羽毛发育有关基因的相关性采用SAS9.4简单相关性分析。
　　与鸡miRBase数据库比对，共获得已知miRNAs337个，其中差异表达的miR NA为216个。新miRNAs93个。根据表达特征，可将差异表达miRNA分为8种类型。根据miRNA在测序数据库中的表达量，筛选出7个高表达miRNA，可能与羽毛发育调控相关，KEGG Pathway分析共获得12条信号通路，其中包括Notch信号通路、磷脂酰肌醇信号通路等一些参与毛囊发生发育的信号通路。由此可见，Notch等一些明确参与毛囊发育的信号通路和甘油酯代谢等一些脂质合成代谢途径可能与羽毛的品质相关。
　　为验证数据库的准确性，选定已知数据库中两个差异表达的miRNAs和一个差异表达的新miRNA通过qRT-PCR表达分析不同时期的相对表达水平，定量结果与mi RNA表达谱结果具有较高的一致性。为探索数据表达结果，我们将已选中的三个mi RNAs与相关基因（Fzd3,Wnt8a, Lrp6,and Birc6）进行Pearson相关系数分析（r-v alues）。miR-30a-5p和miR-203a表达量与Fzd3表达量呈显著负相关（r=-0.663,P=0.0004；r=-0.640,P=0.0008）。此外，gga-miR-new-20表达量与Wnt8a和Birc6表达量呈显著负相关（r=-0.421，P=0.040；r=-0.778，P<0.0001）。由此可见，Wnt信号途径在胚胎发育早期即开始参与毛囊生长调控过程。

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英文缩略词表

文献综述

1羽毛的结构

2羽毛的发生过程

3毛囊的发育特征

4影响毛囊发育的分子调控机制

5 microRNA与毛囊发育之间的关系

1引言

2 研究内容

2.1试验材料

2.2 试验方法

2.3统计分析方法

3 结果与分析

3.1 miRNA测序长度分析

3.2 miRNA测序饱和度分析

3.3 miRNA比对已有数据库

3.4 同源miRNA的鉴定和 novel miRNA预测分析

3.5 miRNA表达趋势分析

3.6 高表达丰度miRNA靶基因预测及KEGG Pathway分析

3.7 qRT-PCR验证miRNA测序结果

3.8 miRNA与目的基因相关性的分析

4 讨论

4.1 试验材料的选择

4.2 Solexa测序可构建较高质量的文库

4.3 樱桃谷鸭皮肤样本文库分析

4.4樱桃谷鸭皮肤毛囊miRNA测序结果丰富了鸭miRNA的数据信息库

4.5鸭毛囊发育中miR-30a-5p和miR-203a的调控作用

4.6新预测的miRNA-novel-20的探讨

5 结论

参考文献

致谢

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硕士期间发表论文

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