基于SCOP拓扑结构的蛋白质远同源性检测与折叠识别

目录

第1 章 绪 论

1.1 课题背景

1.2 研究目的及意义

1.3 国内外相关技术发展现状

1.3.1 基于分类策略的解决方法

1.3.2 基于排序策略的解决方法

1.4 本文的主要研究内容和内容安排

1.4.1 主要研究内容

1.4.2 本文内容安排

第2 章 基于排序网络的蛋白质远同源性检测方法

2.1 引言

2.2数据集介绍

2.3基于排序网络的蛋白质远同源性检测方法实验流程

2.4. 特征工程2.4.1 多种序列特征提取策略介绍

2.4.2特征映射策略

2.5 排序网络模型的建立

2.5.1 将所有特征融合起来训练学习排序模型

2.5.2 基于 PageRank 和 HITS 的网络传播方法

2.5.3 学习排序与网络传播的模型融合

2.6 实验结果及分析

2.6.1 性能评价指标

2.6.2 与几种其他基于学习排序方法的性能比较

2.6.3 与其他相关方法的性能比较

2.6.4 数据集规模和分布对方法的性能影响

2.7 本章小结

第3 章 基于序列谱信息的蛋白质折叠识别方法

3.1 引言

3.2数据集划分策略介绍

3.3基于序列谱信息的蛋白质折叠识别方法模型的建立

3.3.1 基于序列谱的特征提取

3.3.2通过学习排序方法进行特征转换

3.3.3将排序打分特征嵌入支持向量机分类器

3.4 评价指标

3.5 实验结果与分析

3.5.1多种特征组合可以显著提高蛋白质折叠识别预测性能

3.5.2通过特征转换结合支持向量机可以提高折叠识别预测性能

3.5.3与其他相关方法的性能比较

3.6 本章小结

第4 章 基于三元闭包网络的蛋白质折叠识别方法

4.1 引言

4.2数据预处理

4.3 基于三元闭包网络的蛋白质折叠识别方法的实验流程

4.4三元闭包网络的模型建立

4.4.1基排序方法的选择

4.4.2特征提取

4.4.3将比对打分特征与序列谱特征融合一起

4.4.3基于三元闭包原理的蛋白质相似网络构建

4.5 实验结果与分析

4.5.1性能评价指标

4.5.2多种蛋白质相似性网络对蛋白质折叠识别的预测性能比较

4.5.3与其他相关方法的性能比较

4.6 本章小结

结 论

参考文献

攻读硕士学位期间发表的论文及其它成果

声明

致 谢