萝卜抗根肿病位点初定位及油菜MYB28转录因子在根肿菌和SA处理下的响应特征分析

目录

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主要符号对照表

第一章 绪论

1.1 十字花科根肿病研究现状

1.1.1 根肿病的发现和危害

1.1.2 根肿病的症状及发病规律

1.1.3 根肿菌的分类地位

1.1.4 根肿菌的生活史

1.1.5 根肿菌生理小种

1.2 根肿病抗病基因的研究现状及进展

1.2.1 白菜抗性研究

1.2.2 甘蓝抗性研究

1.2.3 甘蓝型油菜抗性研究

1.2.4 萝卜抗性研究

1.3 植物激素在根肿病中的作用

1.4 利用高通量测序结合BSA进行基因定位

1.4.1 利用BSA法进行基因定位的原理

1.4.2 BSA-seq在基因定位中的研究进展

1.5 本研究的目的与意义

第二章 萝卜根肿病抗病位点鉴定

2.1 试验材料

2.2 试验方法

2.2.1孢子悬浮液制备

2.2.2不同萝卜群体抗根肿病鉴定及抗病遗传规律研究

2.2.3病情划分等级及病情指数计算

2.2.4 BSA混池构建

2.2.5建库及库检

2.2.6测序数据过滤

2.2.7比对参考基因组

2.2.8 SNP、InDel检测及注释

2.2.9 基于SNP和InDel标记的目标性状区域定位

2.2.10 候选基因qRT-PCR分析

2.3 结果与分析

2.3.1 萝卜抗根肿病抗性遗传规律分析

2.3.2 全基因组测序及测序质量评估

2.3.3 测序数据与参考基因组比对

2.3.4 SNP和InDel检测及注释

2.3.5 SNP关联分析及候选基因预测

2.3.6 InDel关联分析

2.3.7 候选基因位点qRT-PCR分析

2.4 讨论

2.4.1 萝卜抗根肿病资源利用

2.4.2 候选基因的预测

第三章 甘蓝型油菜MYB28转录因子对根肿菌和水杨酸的响应特征研究

3.1试验材料与方法

3.1.1试验材料

3.1.2 孢子悬液制备

3.1.3 试验处理

3.1.4 MYB28蛋白同源比对及序列进化分析

3.1.5 MYB28基因诱导表达特异性分析

3.2结果与分析

3.2.1 甘蓝型油菜MYB28基因组序列分析

3.2.2 MYB28蛋白同源比对及进化分析

3.2.3 BnaMYB28基因在甘蓝型油菜不同组织中表达模式分析

3.2.4 外源SA诱导下BnaMYB28基因在甘蓝型油菜中的表达

3.2.5 根肿菌和SA处理下BnaMYB28基因表达模式

3.3 讨论

3.3.1 BnaMYB28序列进化分析

3.3.2 BnaMYB28受SA诱导表达

3.3.3 SA促进BnaMYB28-3在根肿菌侵染后的表达

第四章 全文总结

参考文献

附录A

致谢

作者简历