植物基因组重复序列的系统演化研究

目录

声明

主要符号对照表

第一章 绪论

1.1重复序列概述

1.2植物基因组进化研究的基础

1.3重复序列进化假说

1.3.1基因组大小的进化

1.3.2基因组和重复序列之间的关系

1.4重复序列进化速率的研究

1.5重复序列与基因关系的研究

1.6重复序列的系统演化

1.6.1重复序列演化研究现状

1.6.2植物重复序列进化的研究现状

1.7 本研究的目的和意义

第二章 材料和方法

2.1基因数据、基因组数据和数据库

2.2植物分类

2.3重复序列家族基本特征的统计

2.4重复序列超家族的存在和缺失

2.5重复序列家族的分歧率计算

2.6 LTR插入时间的计算

2.6.1 Intact LTR的筛选

2.6.2插入时间的计算

2.7基因内部及其侧翼的重复序列分析

第三章 结果

3.1重复序列家族基本特征的统计

3.1.1基因组中重复序列的总比例

3.1.2重复序列对不同植物群基因组的相对贡献

3.1.3 LTR

3.1.4 TIR

3.1.5 LINE和SINE

3.1.6 简单重复序列

3.1.7 Rolling Circle

3.2重复序列亚家族的存在和缺失

3.2.1 LTR

3.2.2 DNA转座子

3.2.3 LINE

3.2.4水平转移

3.3重复序列在不同类群中的扩增及多样化演化

3.3.1 LTR的核苷酸差异

3.3.2 植物LTR爆发时间

3.3.3 LINE与SINE的核苷酸差异

3.3.4 TIR的核苷酸差异

3.4 基因内部和其侧翼的重复序列分析

3.4.1 LTR

3.4.2 LINE

3.4.3 SINE

3.4.4 DNA转座子

3.5.5 简单重复序列

第四章 讨论

第五章 结论

参考文献

附录

致 谢

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