声明
第1章 绪论
1.1 引言
1.2 转录组测序技术原理
1.2.1 转录组测序的背景
1.2.2 二代测序的特点与基本运行过程
1.2.3 转录组测序的建库策略
1.3 环状RNA的生物学特征与意义
1.3.1 环状RNA的研究历史
1.3.2 环状RNA的产生与特点
1.3.3 环状RNA的生物学功能
1.3.4 环状RNA与疾病的关联
1.4 环状RNA研究方法现状
1.4.1 环状RNA的检测
1.4.2 环状RNA的下游分析
1.5 本论文的研究内容与章节安排
第2章环状RNA定量方法的研究
2.1 引言
2.2 建立基于模型的环状RNA定量新方法
2.2.1 定量方法的思路
2.2.2 环状RNA定量的实现过程
2.3 基于模型的定量方法的性能评估
2.3.1 模拟数据集的建立与表征方法的设定
2.3.2 定量方法性能的评估
2.3.3 影响定量结果准确性的因素
2.3.4 基于模型的方法优于现有的读段计数方法
2.3.5 考虑环状RNA的存在可提升线性RNA定量准确性
2.4 真实数据集上的表现
2.4.1 实验材料
2.4.2 基于模型的定量方法提升定量结果准确性
2.4.3 基于模型的方法提升定量结果稳定性
2.5 本章小结
第3章大鼠中环状RNA表达模式的研究
3.1 引言
3.1.1 大鼠转录组图谱项目
3.2 大鼠环状RNA表达谱的建立
3.3 环状RNA在大鼠中的总体分布
3.4 大鼠环状RNA的保守性
3.4.1 大鼠环状RNA在密码子不同位置上的保守性
3.4.2 大鼠的环状RNA在进化分支上的保守性
3.5 同一基因中环状RNA与线性RNA表达水平的关系
3.5.1 环状RNA的表达正相关于同一个基因上线性RNA
3.5.2 环状RNA在宿主基因表达量上的占比
3.6 大鼠环状RNA的组织特异性
3.6.1 不同组织间环状RNA的表达模式存在差异
3.6.2 环状RNA与线性RNA组织特异性的比较
3.7 本章小结
第4章大鼠环状RNA表达模式与机体功能之间关联性的研究
4.1 引言
4.2 大鼠环状RNA组织特异性与生理功能的关联
4.2.1 生理功能关系密切的器官中的环状RNA表达模式也类似
4.2.2 器官中富集的特异表达的环状RNA的功能与器官自身功能有关
4.2.3 组织特异表达的的环状RNA受调控作用
4.3 大鼠环状RNA表达水平的时间特异性与生理功能之间的关联
4.3.1 器官中环状RNA表达所占比重与时间的关系
4.3.2 脑组织中环状RNA随年龄累计并与神经发育有关
4.3.3 睾丸组织中环状RNA表达水平的时间特异性与成精过程有关
4.3.4 小鼠生殖细胞中环状RNA表达模式与大鼠类似
4.4 本章小结
第5章人类外周血单核细胞中环状RNA作为肺结核诊断标志物的可能性研究
5.1 引言
5.2 实验材料与方法
5.2.1 实验的基本设计
5.2.2 血液样本的准备与处理
5.2.3 外周血单核细胞的提取和处理过程
5.2.4 RNA-Seq测序文库的建立
5.3 外周血单核细胞中环状RNA的基本分布情况
5.3.1 外周血单核细胞中环状RNA具有较高表达水平
5.3.2 肺结核患者样本中环状RNA高表达
5.4 以通路为基础研究环状RNA的差异表达
5.4.1 基于通路来分析外周血单核细胞中环状RNA表达水平的变化
5.4.2 肺结核病人中环状RNA表达水平上调的通路
5.4.3 生物芯片实验验证
5.5 使用环状RNA建立诊断肺结核的分子标记物
5.5.1 建立肺结核诊断标记物
5.5.2 PCR验证实验的引物设计与定量结果
5.5.3 肺结核诊断标志物的诊断性能
5.6 本章小结
第6章讨论与展望
6.1 论文总结
6.2 工作展望
致谢
参考文献
作者简介
