自噬相关IRGM基因多态性与中国汉族人群强直性脊柱炎易感性的关联分析

摘要

目的：强直性脊柱炎（Ankylosing Spondylitis, AS）被证实与炎症性肠道疾病（Inflammatory Bowel Disease, IBD）具有相同的遗传背景，而大量研究已经发现免疫相关鸟苷三磷酸酶家族M（Immunity-related GTPase family M, IRGM）基因与IBD遗传易感性有关联。本文旨在探讨IBD相关的IRGM基因多态性与中国AS易感性之间的关联。
　　方法：本次研究共纳入1270例调查对象，其中AS组为643例来自于安徽医科大学一附院风湿科确诊的患者，诊断标准按照1984年修订的纽约标准；对照组则是性别、年龄及民族与AS组相匹配，来自于合肥市中心血站的627名无关联的健康对照。共筛选 IRGM基因的2个标签（tag）SNP位点（rs10065172和rs4958846），并采用改进的多重连接酶检测技术（improved Multi-Ligase Detection Reaction, iMLDR）进行基因型分型。分析比较各位点在病例组和对照组之间基因型及等位基因频率的分布情况，并采用Logistic回归方法比较以下三种模型：显性模型（CT+TT vs. CC）、隐性模型（TT vs. CT+CC）及共显性模型（CT vs. TT vs. CC）在病例组和对照组之间的差异；此外，进行连锁不平衡（Linkage Disequilibrium, LD）分析并构建单倍型，以进一步获取关联信息；分析tag SNP基因型的分布情况与AS患者疾病功能指数（Bath AS Functional Index, BASFI）以及疾病活动度指数（Bath AS Disease Activity Index, BASDAI）之间的关联；最后，分析 SNP位点不同基因型分布与 AS患者相关环境因素之间是否存在交互作用。基于AS发病存在性别差异的可能性，本次研究同时按照性别进行了分层分析，旨在探讨IRGM基因与AS发病是否存在性别特异性。定性资料的表示使用频数（n,%），组间比较分析采用χ2检验；正态连续性资料使用Mean±SD表示，组间比较采用Student t检验；而非正态连续性资料则采用Median（IQR）表示，组间比较采用Mann-Whitney U检验；上述统计分析均使用Haploview4.2软件及SPSS16.0软件。检验水准设定为双侧0.05，多重比较使用Bonferroni法对P值进行校正。
　　结果：643例AS患者平均年龄为28.2±8.9岁，其中男性患者527（82.0%）人，女性患者116（18.0%）人；627健康对照平均年龄为27.8±7.6岁，其中男性患者515（82.1%）人，女性患者112（17.9%）人；病例组和对照组在性别(χ2=0.007, P=0.934)和年龄(t=?0.882, P=0.378)方面的差异均无统计学显著性意义。AS患者的BMI为21.6±3.6 Kg/m2，HLA-B27阳性率为93.6%，总病程为2.8（0.5,6.0）年，ESR为11.0（2.0,25.0）mm/h，CRP为6.8（1.1,23.7）mg/L，BASFI得分为0.9（0.0,2.4）cm，BASDAI得分为1.8（0.4,3.3）cm。对照组中两个tag SNP位点均符合哈迪-温伯格遗传平衡（rs10065172：P=0.180；rs4958846：P=0.893）。对病例组与对照组之间基因型和等位基因型的分析均未发现统计学意义上的关联（P>0.05 for both）；进一步按性别进行分层分析后发现，基因型和等位基因频率在女性患者组与相应对照组间的分布差异存在统计学显著性意义（χ2=6.049, P=0.049;χ2=4.626, P=0.031），但这种差异在进行Bonferroni校正后并不具有统计学意义(校正后的显著性水平α=0.05/2=0.025)。基因型分析的结果发现，在女性AS患者与女性健康对照间，显性模型（CT+TT vs. CC: OR0.514,95% CI0.301-0.876, P=0.014）与共显性模型（CT vs. CC:OR0.518,95%CI0.297-0.902, P=0.020)）均存在统计学意义上的显著性差异；此外，经Bonferroni法校正后，上述的差异仍具有统计学意义（校正后的显著性水平α=0.05/2=0.025）；而在男性人群及总体人群分析中，Bonferroni法校正前后均未发现具有统计学意义上的关联。LD检验发现 rs10065172和 rs4958846间存在较强连锁不平衡（D’=1, r2=0.433）；单倍型分析的结果发现单倍型rs4958846C-rs10065172C在病例组与对照组间差异具有统计学意义上的显著性（H3:OR=1.316,95%CI1.084-1.598, P=0.0055）；按性别进行亚组分析显示，rs4958846C-rs10065172C只在女性病例组和对照组间存在显著性差异（OR=2.093,95%CI1.301-3.368, P=0.0021），在男性AS患者与男性健康对照间差异无统计学意义。临床特征分析发现AS患者的病程、ESR、CRP、BASFI及BASDAI在三种基因型之间的分布均无统计学差异；此外按性别进行分层分析后也未发现统计学意义上的关联。单因素 logistic回归分析结果显示：在rs4958846位点隐性模型条件下，每日膳食中蔬菜摄入量可能是中国汉族人群 AS发病的易感因素(OR=4.895,95%CI1.011-23.709, P=0.048)，但多因素 logistic回归分析并未发现任何有统计学意义的结果，这表明IRGM基因与各环境变量并不具有交互效应。
　　结论：IBD相关的自噬基因IRGM可能与中国汉族人群AS的发病相关，特别是汉族女性人群，进一步提示自噬通路可能参与AS的发病过程，但结果需要进一步扩大样本及在不同种族中加以验证。

目录

声明

英文缩略词表

1. 前言

2.材料及方法

2.1病例和对照的收集

2.2 流行病学资料的收集

2.3血样的收集和预处理

2.4 提取DNA样本

2.5筛选标签（tag）SNP

2.6 基因分型技术

2.7 统计分析

2.8 质量控制

3 结果

3.1基本特征

3.2 SNP分型结果

3.3遗传易感性分析

4. 讨论

5. 结论

参考文献

个人简历

致谢

综述：细胞自噬在风湿性疾病中的研究进展

强直性脊柱炎遗传流行病学研究知情同意书

AS流行病学调查表